行政院飛航安全委員會自華航CI611班機事故發生迄今，在海軍獵雷艦、各學研團體及美國水下打撈公司協助下已完成水下探掃定位，再由美國環球打撈公司在澎湖海域附近三個月餘之作業。目前已撈獲並確認之罹難者遺體計172具，撈獲殘骸約為總機身之65％。 CI611機殘骸於失事初期先借置於馬公空軍基地棚廠，稍後與後續撈起殘骸分別移置馬公海軍一號碼頭及三號漁港，期間雖歷經二次颱風，但本會不惜耗資委請專人執行完善之防颱措施，以避免殘骸二度受損。同時亦協調海巡署加強平日對殘骸之戒護，儘可能保存殘骸原貌。 為鑑定該機失事原因，需要大型棚廠作為殘骸安置及重建場所。經協調空軍並獲同意，出借桃園基地棚廠。行政院另已核撥殘骸運送及重建專案經費。 本會將自本(八)月十五日起，將殘骸由馬公商港海運至台北縣之台北港及桃園縣之竹圍港。再以平板車將殘骸沿台15號公路運送至棚廠。本會將對重要殘骸進行二維及三維重建工作。

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