經過將近兩天兩夜的搜尋，元月十二日上午06:26時，水下遙控操作載具（Remote Operating Vehicle - ROV）之攝影機終於發現了一具黑盒子。上午08:00時，該具黑盒子運至海洋力士（Ocean Hercules）號打撈船，經飛安會調查人員確認係屬飛航資料記錄器（Flight Data Recorder - FDR）。

該具記錄器之發現位置（北緯23°28.760,東經119°26.295）係海軍在上（十二）月廿四日所偵測到，再由飛安會轉交打撈船據以作業。

該具記錄器之橘紅色外殼已經脫落，所記載資料是否完整尚飛待安會調查實驗室進一步檢驗始能確定。

ROV攝影機亦拍攝到GE791之發動機、主起落架等部分殘骸，由於今日天氣與海象情況穩定，打撈作業持續進行中。

復興航空公司GE791貨機，編號B-22708，型機ATR-72, 於九十一年十二月廿一日凌晨01:05，自中正機場起飛往澳門機場，途中於馬公西南約27公里處與區管中心失去聯絡。機上飛航組員有二人。

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